2 × ಜಿಸಿ ಭರಿತ ಪಿಸಿಆರ್ ಮಿಶ್ರಣ

A-1 ಟೆಂಪ್ಲೇಟು

Temp ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕಲ್ಮಶಗಳನ್ನು ಅಥವಾ ಟಕ್ ಇನ್ಹಿಬಿಟರ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಇತ್ಯಾದಿ ——— DNA ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಅನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿ, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕಲ್ಮಶಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಿ ಅಥವಾ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಣ ಕಿಟ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೊರತೆಗೆಯಿರಿ.

Temp ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಡಿನಾಟರೇಶನ್ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡಿಲ್ಲ -— ಡಿನಾಟರೇಶನ್ ತಾಪಮಾನವನ್ನು ಸೂಕ್ತವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿಸಿ ಮತ್ತು ಡಿನಾಟರೇಶನ್ ಸಮಯವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಿ.

Mp ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಅವನತಿ —— ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಅನ್ನು ಪುನಃ ತಯಾರಿಸಿ.

ಎ -2 ಪ್ರೈಮರ್

Pri ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳ ಕಳಪೆ ಗುಣಮಟ್ಟ —— ಪ್ರೈಮರ್ ಅನ್ನು ಪುನಃ ಸಂಶ್ಲೇಷಿಸಿ.

Mer ಪ್ರೈಮರ್ ಅವನತಿ —— ಸಂರಕ್ಷಣೆಗಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಂದ್ರತೆಯ ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳನ್ನು ಸಣ್ಣ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಿ. ಬಹು ಘನೀಕರಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಕರಗುವಿಕೆ ಅಥವಾ ದೀರ್ಘಾವಧಿಯ 4 ° C ಕ್ರಯೋಪ್ರೆಸರ್ವ್ ಮಾಡುವುದನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಿ.

Pri ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳ ಅಸಮರ್ಪಕ ವಿನ್ಯಾಸ (ಉದಾ. ಪ್ರೈಮರ್ ಉದ್ದವು ಸಾಕಾಗುವುದಿಲ್ಲ, ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳ ನಡುವೆ ಡೈಮರ್ ರೂಪುಗೊಂಡಿದೆ, ಇತ್ಯಾದಿ) -ಮರುವಿನ್ಯಾಸ ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳು (ಪ್ರೈಮರ್ ಡೈಮರ್ ಮತ್ತು ಸೆಕೆಂಡರಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ರಚನೆಯನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಿ)

A-3 Mg²⁺ಏಕಾಗ್ರತೆ

ಎಂಜಿ²⁺ ಏಕಾಗ್ರತೆ ತುಂಬಾ ಕಡಿಮೆ —— Mg ಅನ್ನು ಸರಿಯಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿಸಿ²⁺ ಏಕಾಗ್ರತೆ: Mg ಅನ್ನು ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿಸಿ²⁺ ಸೂಕ್ತ ಎಮ್‌ಜಿ ನಿರ್ಧರಿಸಲು 0.5 ಎಂಎಂ ಮಧ್ಯಂತರದೊಂದಿಗೆ 1 ಎಮ್‌ಎಮ್‌ನಿಂದ 3 ಎಂಎಮ್‌ವರೆಗಿನ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸರಣಿಯಿಂದ ಏಕಾಗ್ರತೆ²⁺ ಪ್ರತಿ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೈಮರ್‌ಗೆ ಏಕಾಗ್ರತೆ.

ಎ -4 ಅನೆಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನ

An ಹೆಚ್ಚಿನ ಅನೆಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನವು ಪ್ರೈಮರ್ ಮತ್ತು ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್‌ನ ಬಂಧನದ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ. -— ಅನೆಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು 2 ° C ಗ್ರೇಡಿಯಂಟ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಉತ್ತಮಗೊಳಿಸಿ.

ಎ -5 ವಿಸ್ತರಣೆ ಸಮಯ

Extension ಚಿಕ್ಕ ವಿಸ್ತರಣೆ ಸಮಯ —— ವಿಸ್ತರಣೆಯ ಸಮಯವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಿ.

ವಿದ್ಯಮಾನ: samplesಣಾತ್ಮಕ ಮಾದರಿಗಳು ಕೂಡ ಗುರಿ ಅನುಕ್ರಮ ಬ್ಯಾಂಡ್‌ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ.

ಎ -1 ಪಿಸಿಆರ್ ಮಾಲಿನ್ಯ

Target ಗುರಿಯ ಅನುಕ್ರಮ ಅಥವಾ ವರ್ಧನೆಯ ಉತ್ಪನ್ನಗಳ ಅಡ್ಡ ಮಾಲಿನ್ಯ -— ಎಚ್ಚರಿಕೆಯಿಂದ ನೆಗೆಟಿವ್ ಸ್ಯಾಂಪಲ್ ನಲ್ಲಿ ಟಾರ್ಗೆಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಹೊಂದಿರುವ ಸ್ಯಾಂಪಲ್ ಅನ್ನು ಪೈಪ್ ಮಾಡಬೇಡಿ ಅಥವಾ ಅವುಗಳನ್ನು ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಟ್ಯೂಬ್ ನಿಂದ ಚೆಲ್ಲಬೇಡಿ. ಕಾರಕಗಳು ಅಥವಾ ಸಲಕರಣೆಗಳನ್ನು ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳನ್ನು ತೊಡೆದುಹಾಕಲು ಆಟೋಕ್ಲೇವ್ ಮಾಡಬೇಕು ಮತ್ತು ಮಾಲಿನ್ಯದ ಅಸ್ತಿತ್ವವನ್ನು ನಕಾರಾತ್ಮಕ ನಿಯಂತ್ರಣ ಪ್ರಯೋಗಗಳ ಮೂಲಕ ನಿರ್ಧರಿಸಬೇಕು.

Ag ಕಾರಕ ಮಾಲಿನ್ಯ --— ಕಾರಕಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ತಾಪಮಾನದಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಿ.

ಎ -2 ಪ್ರಧಾನr

ಎಂಜಿ²⁺ ಏಕಾಗ್ರತೆ ತುಂಬಾ ಕಡಿಮೆ —— Mg ಅನ್ನು ಸರಿಯಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿಸಿ²⁺ ಏಕಾಗ್ರತೆ: Mg ಅನ್ನು ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿಸಿ²⁺ ಸೂಕ್ತ ಎಮ್‌ಜಿ ನಿರ್ಧರಿಸಲು 0.5 ಎಂಎಂ ಮಧ್ಯಂತರದೊಂದಿಗೆ 1 ಎಮ್‌ಎಮ್‌ನಿಂದ 3 ಎಂಎಮ್‌ವರೆಗಿನ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸರಣಿಯಿಂದ ಏಕಾಗ್ರತೆ²⁺ ಪ್ರತಿ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೈಮರ್‌ಗೆ ಏಕಾಗ್ರತೆ.

Pri ಅಸಮರ್ಪಕ ಪ್ರೈಮರ್ ವಿನ್ಯಾಸ, ಮತ್ತು ಉದ್ದೇಶಿತ ಅನುಕ್ರಮವು ಗುರಿಯಲ್ಲದ ಅನುಕ್ರಮದೊಂದಿಗೆ ಹೋಮಾಲಜಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. —— ಮರು-ವಿನ್ಯಾಸ ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳು.

ವಿದ್ಯಮಾನ: ಪಿಸಿಆರ್ ಆಂಪ್ಲಿಫಿಕೇಶನ್ ಬ್ಯಾಂಡ್‌ಗಳು ನಿರೀಕ್ಷಿತ ಗಾತ್ರಕ್ಕೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುವುದಿಲ್ಲ, ದೊಡ್ಡದು ಅಥವಾ ಚಿಕ್ಕದು, ಅಥವಾ ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಆಂಪ್ಲಿಫಿಕೇಶನ್ ಬ್ಯಾಂಡ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಲ್ಲದ ಆಂಪ್ಲಿಫಿಕೇಶನ್ ಬ್ಯಾಂಡ್‌ಗಳು ಸಂಭವಿಸುತ್ತವೆ.

ಎ -1 ಪ್ರೈಮರ್

Pri ಕಳಪೆ ಪ್ರೈಮರ್ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆ

—— ಮರು-ವಿನ್ಯಾಸ ಪ್ರೈಮರ್.

Pri ಪ್ರೈಮರ್ ಸಾಂದ್ರತೆಯು ತುಂಬಾ ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ —— ಡಿನಾಟರೇಶನ್ ತಾಪಮಾನವನ್ನು ಸರಿಯಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿಸಿ ಮತ್ತು ಡಿನಾಟರೇಶನ್ ಸಮಯವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಿ.

A-2 Mg²⁺ ಏಕಾಗ್ರತೆ

M ದಿ ಎಂಜಿ²⁺ ಏಕಾಗ್ರತೆ ತುಂಬಾ ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ —— Mg2+ ಏಕಾಗ್ರತೆಯನ್ನು ಸರಿಯಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಿ: Mg ಅನ್ನು ಉತ್ತಮಗೊಳಿಸಿ²⁺ ಸೂಕ್ತ ಎಮ್‌ಜಿ ನಿರ್ಧರಿಸಲು 0.5 ಎಂಎಂ ಮಧ್ಯಂತರದೊಂದಿಗೆ 1 ಎಮ್‌ಎಮ್‌ನಿಂದ 3 ಎಂಎಮ್‌ವರೆಗಿನ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸರಣಿಯಿಂದ ಏಕಾಗ್ರತೆ²⁺ ಪ್ರತಿ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೈಮರ್‌ಗೆ ಏಕಾಗ್ರತೆ.

ಎ -3 ಥರ್ಮೋಸ್ಟೇಬಲ್ ಪಾಲಿಮರೇಸ್

En ಅತಿಯಾದ ಕಿಣ್ವದ ಪ್ರಮಾಣ —— 0.5 ಕಿ ಯ ಅಂತರದಲ್ಲಿ ಕಿಣ್ವದ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಸೂಕ್ತವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಿ.

ಎ -4 ಅನೆಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನ

Ne ಅನೆಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನವು ತುಂಬಾ ಕಡಿಮೆಯಾಗಿದೆ ——ಅನೀಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನವನ್ನು ಸೂಕ್ತವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿಸಿ ಅಥವಾ ಎರಡು ಹಂತದ ಅನೀಲಿಂಗ್ ವಿಧಾನವನ್ನು ಅಳವಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಿ

ಎ -5 ಪಿಸಿಆರ್ ಚಕ್ರಗಳು

P ಹಲವಾರು ಪಿಸಿಆರ್ ಆವರ್ತಗಳು —— ಪಿಸಿಆರ್ ಆವರ್ತಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಿ.

ಎ -1 ಪ್ರೈಮರ್—— ಕಳಪೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆ —— ಪ್ರೈಮರ್ ಅನ್ನು ಮರು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಿ, ಪ್ರೈಮರ್‌ನ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ಮತ್ತು ಉದ್ದವನ್ನು ಅದರ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಲು ಬದಲಾಯಿಸಿ; ಅಥವಾ ನೆಸ್ಟೆಡ್ ಪಿಸಿಆರ್ ನಿರ್ವಹಿಸಿ.

A-2 ಟೆಂಪ್ಲೇಟು DNA

—— ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಶುದ್ಧವಲ್ಲ —— ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಅನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿ ಅಥವಾ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಣ ಕಿಟ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೊರತೆಗೆಯಿರಿ.

A-3 Mg²⁺ ಏಕಾಗ್ರತೆ

——Mg²⁺ ಏಕಾಗ್ರತೆ ತುಂಬಾ ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ —— Mg ಅನ್ನು ಸರಿಯಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಿ²⁺ ಏಕಾಗ್ರತೆ: Mg ಅನ್ನು ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿಸಿ²⁺ ಸೂಕ್ತ ಎಮ್‌ಜಿ ನಿರ್ಧರಿಸಲು 0.5 ಎಂಎಂ ಮಧ್ಯಂತರದೊಂದಿಗೆ 1 ಎಮ್‌ಎಮ್‌ನಿಂದ 3 ಎಂಎಮ್‌ವರೆಗಿನ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸರಣಿಯಿಂದ ಏಕಾಗ್ರತೆ²⁺ ಪ್ರತಿ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೈಮರ್‌ಗೆ ಏಕಾಗ್ರತೆ.

A-4 dNTP

——DNTP ಗಳ ಸಾಂದ್ರತೆಯು ತುಂಬಾ ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ —— dNTP ಯ ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು ಸೂಕ್ತವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಿ

ಎ -5 ಅನೆಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನ

—— ತುಂಬಾ ಕಡಿಮೆ ಅನೆಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನ ——ಅನೀಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನವನ್ನು ಸೂಕ್ತವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿಸಿ

ಎ -6 ಚಕ್ರಗಳು

—— ಹಲವು ಚಕ್ರಗಳು —— ಸೈಕಲ್ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಉತ್ತಮಗೊಳಿಸಿ

ಸೂಕ್ತವಾದ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡುವುದು ಮೊದಲ ಹಂತವಾಗಿದೆ. 3'-5 'ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯ ಕೊರತೆಯಿಂದಾಗಿ ನಿಯಮಿತ ಟಕ್ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಪ್ರೂಫ್ ರೀಡ್ ಮಾಡಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ, ಮತ್ತು ಅಸಾಮರಸ್ಯವು ತುಣುಕುಗಳ ವಿಸ್ತರಣೆ ದಕ್ಷತೆಯನ್ನು ಬಹಳವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ನಿಯಮಿತ ಟಕ್ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿ 5 ಕೆಬಿಗಿಂತ ದೊಡ್ಡದಾದ ಗುರಿ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ವರ್ಧಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. ವಿಶೇಷ ಮಾರ್ಪಾಡು ಅಥವಾ ಇತರ ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಷ್ಠೆಯ ಪಾಲಿಮರೇಸ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಟಾಕ್ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಅನ್ನು ವಿಸ್ತರಣೆಯ ದಕ್ಷತೆಯನ್ನು ಸುಧಾರಿಸಲು ಮತ್ತು ಉದ್ದವಾದ ತುಣುಕಿನ ವರ್ಧನೆಯ ಅಗತ್ಯತೆಗಳನ್ನು ಪೂರೈಸಲು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಬೇಕು. ಇದರ ಜೊತೆಯಲ್ಲಿ, ಉದ್ದವಾದ ತುಣುಕುಗಳ ವರ್ಧನೆಗೆ ಪ್ರೈಮರ್ ವಿನ್ಯಾಸ, ಡಿನಾಟರೇಶನ್ ಸಮಯ, ವಿಸ್ತರಣೆಯ ಸಮಯ, ಬಫರ್ ಪಿಹೆಚ್ ಇತ್ಯಾದಿಗಳ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, 18-24 ಬಿಪಿ ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳು ಉತ್ತಮ ಇಳುವರಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಹಾನಿಯನ್ನು ತಡೆಗಟ್ಟಲು, 94 ° C ನಲ್ಲಿ ಡಿನಾಟರೇಶನ್ ಸಮಯವನ್ನು 30 ಸೆಕೆಂಡಿಗೆ ಅಥವಾ ಕಡಿಮೆ ಪ್ರತಿ ಚಕ್ರಕ್ಕೆ ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಬೇಕು, ಮತ್ತು ವರ್ಧನೆಗೆ ಮೊದಲು ತಾಪಮಾನವನ್ನು 94 ° C ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿಸುವ ಸಮಯವು 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕಿಂತ ಕಡಿಮೆ ಇರಬೇಕು. ಇದಲ್ಲದೆ, ವಿಸ್ತರಣೆಯ ತಾಪಮಾನವನ್ನು ಸುಮಾರು 68 ° C ಗೆ ಹೊಂದಿಸುವುದು ಮತ್ತು ವಿಸ್ತರಣೆಯ ಸಮಯವನ್ನು 1 kb/min ದರಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸುವುದರಿಂದ ದೀರ್ಘ ತುಣುಕುಗಳ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿ ವರ್ಧನೆಯನ್ನು ಖಾತ್ರಿಪಡಿಸಬಹುದು.

ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಷ್ಠೆಯೊಂದಿಗೆ ವಿವಿಧ ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವ ಮೂಲಕ ಪಿಸಿಆರ್ ವರ್ಧನೆಯ ದೋಷದ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಬಹುದು. ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ ಕಂಡುಬಂದಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ತಕ್ ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್‌ಗಳಲ್ಲಿ, ಪಿಎಫ್‌ಯು ಕಿಣ್ವವು ಕಡಿಮೆ ದೋಷದ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಷ್ಠೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ (ಲಗತ್ತಿಸಲಾದ ಕೋಷ್ಟಕವನ್ನು ನೋಡಿ). ಕಿಣ್ವದ ಆಯ್ಕೆಯ ಜೊತೆಗೆ, ಸಂಶೋಧಕರು ಪಿಸಿಆರ್ ಮ್ಯುಟೇಶನ್ ದರವನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಬಹುದು, ಬಫರ್ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿಸುವುದು, ಥರ್ಮೋಸ್ಟೇಬಲ್ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಸಾಂದ್ರತೆ ಮತ್ತು ಪಿಸಿಆರ್ ಸೈಕಲ್ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಉತ್ತಮಗೊಳಿಸುವುದು.